1998-nji ýylyň 5-nji ýanwarynda Türkmenistanyň Prezidentiniň 3479 belgili kararyna laýyklykda, Türkmenistanyň Milli Taryh we Etnografiýa Muzeýiniň hem-de Türkmenistanyň Şekillendiriş sungaty muzeýiniň birleşdirilmegi netijesinde Türkmenistanyň Milli muzeýi döredildi. Muzeý 1998-nji ýylyň 12-nji noýabrynda açyldy. Muzeý Türkmenistanyň taryhyna, häzirki zaman medeniýetine we etnografiýasyna bagyşlanan ýedi hemişelik galereýadan ybarat.
Türkmenistanyň Prezidenti Gurbanguly Berdimuhamedowyň 2007-nji ýylyň 21-nji fewralyndaky 8270 belgili karary bilen Milli muzeýiň iki tarapynda Türkmenistanyň Prezidentiniň muzeýiniň we Etnografiýa we ýerli taryh muzeýiniň gurluşygy başlandy. 2009-njy ýylyň 14-nji maýynda Prezidentiň karary bilen Türkmenistanyň Milli muzeýi Türkmenistanyň esasy milli muzeýi diýlip atlandyryldy. 2009-njy ýylyň 18-nji maýynda Türkmenistanyň esasy milli muzeýiniň etnografiýa we ýerli taryhy muzeýiniň we 2009-njy ýylyň 29-njy iýunynda Türkmenistanyň prezidentiniň muzeýiniň açylyş dabarasy boldy. 2009-2013-nji ýyllarda Türkmenistanyň esasy milli muzeýi diýlip atlandyryldy.
2013-nji ýylyň aprelinde Türkmenistanyň Döwlet medeni merkeziniň bir bölegi boldy we ady üýtgedildi.
Muzeýde 130 müňden gowrak eksponat bar. Muzeýde köne Nusaý we Gadymy Merwden müňlerçe arheologiki ýadygärlik bar. Muzeýde gadymy türkmen halylarynyň ýygyndylary, milli eşikleriň we matalaryň seýrek mysallary, adaty öý goşlary, gymmat bahaly metallardan ýasalan zatlar, ýaraglar we baýraklar bar.
Türkmenistanyň Prezidentiniň muzeýi üç gatdan ybarat bolup, olaryň ikisi prezident Gurbanguly Berdimuhamedowyň kasam kabul ediş gününden başlap, döwletiň ösüş taryhyny açýar. Muzeý sergisi ilatdan, daşary ýurt raýatlaryndan, işewür toparlardan we daşary ýurt döwlet işgärlerinden sowgatlar görkezilýän on bölümden ybarat.
